前者の場合は稼動させる環境に左右される部分や起動メディアの可否によるコールドクローンに制限があったりしますが後者の場合は物理的なコピーを直接行うのでそうした制限はありません。 PCにあまり詳しく無いユーザーだと後者のほうが操作面でも簡単で優れている訳ですが、GPT形式のディスクの場合はトラブルの原因になります。
物理コピーを行う設備の殆どは２者のディスク容量が同じタイプのものを使うように推奨しており、異なる容量同士のGPT形式ディスクでは機能しないと注意書きがあったりします。 これはGPT形式の場合MBR形式と大きく異なる仕様として管理データが最初と最後のセクタエリアに分かれてある第二GPTヘッダの制限によるものです。
MBR形式の場合は頭の部分だけなので「少容量→大容量」へのクローンで問題は発生しませんが、GPTは第二ヘッダが最後にあるのでその値が狂ってしまい正確なディスク容量を認識できなくなるためです。 ソフトウェアクローンの方式だと多くのものがこれらを調整してくれるので可能なタイプが多いようです。
ＧＰＴ対応を謡ったソフトは幾つかあるのですがＧＰＴ運用をしているＰＣの場合これにＵＥＦＩモードとＢＩＯＳモードのどちらで構成されるかで利用が制限されます。 詳細は以下の記事を参考にしてください
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